Der 17-jährige Oberschüler Shinichi Kudō ist ein genialer Schülerdetektiv. Immer wieder hilft er der japanischen Polizei in den verzwicktesten Fällen, und kommt mit genialen Schlüssen und einer ausgezeichneten Kombinationsgabe jedem Täter auf die Spur. Sein größtes Vorbild ist natürlich der berühmte Sherlock Holmes. Eines Tages wird er bei der Jagd nach Verbrechern von Mitgliedern einer geheimnisvollen Organisation überwältig. Er bekommt ein experimentelles Gift eingeflößt, das ihn töten soll. Doch Shinichi überlebt, jedoch mit der bitteren Wirkung, dass er jetzt wieder so aussieht wie ein 7-jähriger Grundschüler. Von nun an nennt sich Shinichi zur Tarnung Conan Edogawa, nach dem Vornamen von Conan Doyle, Verfasser der Sherlock Holmes Geschichten, und dem Nachnamen des japanischen Schriftstellers Ranpo Edogawa. Er findet in der Detektei des Vaters seiner Freundin Ran Unterschlupf und versucht nun die mysteriösen Männer in Schwarz ausfindig zu machen, die ihn in diese Situation gebracht haben. Das ganze geschieht natürlich Undercover, doch Conan kann es nicht lassen auch den Vater von Ran, ein Privatdetektiv, tatkräftig in seinen Fällen zu unterstützen.