Hinter Conan verbirgt sich eigentlich der gefeierte Oberschülerdetektiv Shinichi Kudo. Als er einmal seine Nase zu tief in einen Fall steckt, bekommt er von Männern in Schwarz ein vermeintlich tödliches Gift eingeflößt. Statt ihn zu töten, lässt das Gift ihn jedoch schrumpfen. Trotz seines neuen Körpers eines Grundschülers hat er seinen Verstand jedoch behalten.

Um nicht aufzufliegen, nennt er sich von nun an Conan Edogawa und findet Unterschlupf bei seiner Freundin Ran Mori, die in der Detektei ihres Vaters lebt. Conan kann es nicht lassen, den dilettantischen Kogoro Mori bei der Fallaufklärung zu unterstützen. Dabei helfen ihn mehrere kleine Utensilien seines Freundes Professor Agasa. Damit schickt er Kogoro schlafen und präsentiert dann mit technisch verstellter Stimme die Fallauflösung, so dass Mori bald als der "Schlafene Kogoro" und Meisterdetektiv in aller Munde ist. In der Grundschule, die er nun wieder besuchen muss, gründet er eher unfreiwillig zusammen mit Ayumi, Mitsuhiko und Genta die "Detective Boys", mit denen er auch immer wieder in Kriminalfille schlittert.

Später findet Conan heraus, dass eine mysteriöse Organisation hinter den Männern in Schwarz und dem Gift steckt und trifft auf Ai Haibara. Sie ist die Entwicklerin des sogenannten "APTX 4869", ist jedoch aus der Organisation geflohen und ebenfalls geschrumpft. Im weiteren Verlauf lernt Conan, dass auch noch andere hinter der Organisation her sind. Auch wenn Conan immer wieder durch die kompliziertesten Kriminalfälle abgelenkt wird, bleibt sein primäres Ziel den Männern in Schwarz das Handwerk zu legen und seinen alten Körper zurückzugewinnen.

Erdacht wurde Conan vom Mangazeichner Gosho Aoyama, der bis heute an der Serie arbeitet und zeichnet. Seit über 20 Jahren erfreut sich "Detektiv Conan" sowohl als Manga mit über 90 Bänden, als auch als Anime mit über 900 Folgen und etlichen Kinofilmen großer Beliebtheit.