Detektiv auf hoher See

Während einer Demonstrationsübung auf einem AEGIS-Kriegsschiff, auf dem sich gerade Conan und die anderen befinden, kommt es zu einem Zwischenfall. Ein unbekanntes Objekt nähert sich dem Schiff. Es wird ein Torpedo abgefeuert, um es unschädlich zu machen, was auch gelingt. Die Besatzung gibt vor, der Vorfall sei Teil der Übung, doch Conan erkennt die Wahrheit. Während des Vorfalls fällt ihm auch ein kleiner Junge ohne Begleitung auf. Schließlich wird auch noch eine Leiche aus dem Meer geborgen. Es handelt sich um ein seit einiger Zeit vermisstes Mitglied der Marine. Conan kann mithilfe der neu entwickelten Armbanduhr Agasa und auch Heiji, die sich beide an Land befinden, in seine Ermittlungen einbinden. Mehrere Personen auf dem Schiff machen sich verdächtig. Nicht nur geht es um einen Mord, sondern es besteht auch der Verdacht, dass ein Spion an Bord ist, der die Geheimnisse der Marine ausspionieren will. Die nationale Sicherheit von Japan ist akut gefährdet. Conan muss den Spion unbedingt ausfindig machen.